Generar recursos humanos del más alto nivel en el campo de la Ingeniería de Sistemas, capaces de insertarse como líderes en los campos de la investigación, la docencia y en el sector productivo. Nuestros egresados serán capaces de plantear soluciones inter, multi y transdisciplinarias a problemas complejos que afectas a diversos sectores de la sociedad, siempre con conocimiento científico y tecnológico, responsabilidad, ética, tolerancia y compromiso social, a fin de contribuir al desarrollo económico, social y político de la Nación.
Posicionarnos estratégicamente en los ámbitos nacional e internacional como un Programa de Estudios de Posgrado transdisciplinario, que aplique Ciencia de Sistemas y las tecnologías de información y de comunicación para eficientar sus procesos académicos, de investigación, de extensión y de difusión, con el propósito de ser un programa de posgrado con el Nivel de Competencia Internacional dentro del PNPC.
En apego al Artículo 3 fracción 3, la de la Ley Orgánica del Instituto Politécnico Nacional, se establecen los objetivo y las metas del Doctorado en Ingeniería de Sistemas.
1. Formar doctores del más alto nivel en el campo de la Ingeniería de Sistemas, con perspectiva sistémica transdisciplinar que les permita abordar y generar soluciones holísticas a problemas complejos, a través del desarrollo y el uso de herramientas metodológicas formales, fenomenológicas, hermenéuticas que llevan a la síntesis de los métodos de investigación científica positivistas e interpretacionales, contribuyendo a la unificación del conocimiento en beneficio de la sociedad.
2. Formar líderes en los campos de la investigación, la docencia y en el sector productivo, con la finalidad de resolver con calidad, responsabilidad, ética, tolerancia y compromiso social el conocimiento científico y tecnológico para contribuir al desarrollo económico, social y político de la Nación.
a) A mediano plazo: Alcanzar y mantener el Nivel de Programa de Posgrado Consolidado dentro del Padrón Nacional de Posgrado del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología.
b) A largo plazo: Alcanzar y mantener el Nivel de Programa de Posgrado de Competencia Internacional dentro del Padrón Nacional de Posgrado del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología.